Никольская церковь была построена по проекту А М. Горностаева в 1853 году. Строили ее, как и келей­ный корпус скита, в основном наемные рабочие, ошту­катурена она была одновременно с келейным корпусом в 1866 году артелью ярославских штукатуров.

Церковь поставлена на вершине небольшого холма. Чтобы подчеркнуть доминирующее положение церкви, организующей значительное водное пространство Ладож­ского озера, на естественное основание была сделана отсыпка гравия, битого кирпича, песка, а фундамент церкви был решен в виде массивной сводчатой плиты, опирающейся на столбы. С западной и восточной сто­рон хорошо видна система сводов, сложенных из постелистого бута с расшивкой швов.

Церковь представляет собой двухъярусный объем, к которому с востока примыкает пятигранная одноярус­ная апсида, а с запада — четырехгранный объем при­твора с небольшой звонницей над ним.

Первый ярус церкви — четырехгранник со скошенными углами; второй — восьмерик. Система «восьмерик на чет­верике» весьма характерна для русского зодчества и здесь налицо творческая переработка традиционных решений в соответствии с новым уровнем эстетических и функциональных требований. Завершается церковь восьмигранным шатром с главкой. Звонница перекры­та цилиндрическим сводом и завершена килевидной крышей.

Первый ярус церкви имеет скромное декоративное оформление. Основное внимание архитектор уделил здесь проработке скошенных углов и их килевидному завершению. Все окна первого яруса решены как пер­спективные без наличников. Над окнами выложены круглые ниши, в которых крепились иконы.

Второй ярус имеет более насыщенное декоративное оформление. Стороны восьмерика, ориентированные по сторонам света, решены в виде двойных арочных окон, завершенных общим килевидным наличником. Налич­ник украшен поставленными на ребро кирпичами и опи­рается на фигурные колонки. Декоративные детали на­личников и колонки были обшиты рольным свинцом, замененным при реставрации листовой медью. Остальные грани восьмерика имеют филенчатую обработку и за­вершаются двумя спаренными килевидными кокош­никами.

Шатер церкви был сложен из кирпича и окрыт кровельным железом; при реставрации железное окрытие шатра заменено листовой медью. Шатер украшен продольными ребрами, идущими от углов восьмерика к вершине. На сторонах шатра, соответствующих киле­видным кокошникам восьмерика, расположены схожие по очертанию раскрепованные кокошники. Горизон­тальная тяга с тремя арочками под ней делит каждую грань шатра на две части. Кровля шатра из прямоуголь­ных листов, уложенных горизонтальными рядами, сама по себе обладает декоративным эффектом. Металли­ческая луковичная главка церкви расчленена восемью ребрами, соответствующими граням шатра, и поясом из металлических кругов. Венчает главу шар и крест. Главка и ее завершения были вызолочены. В процес­се реставрации позолота возобновлена.

Работы по реставрации Никольской церкви были начаты в 1983 году и проведены силами Карельской СНРПМ* с участием Московской СНРПМ №1 (позолотные работы). В интерьере церкви ведутся работы по консервации живописи. Эту работу выполняют художники-реставраторы Московской межобластной СНРПМ под руководством художника-реставратора высшей категории С. В. Кузнецова. Бригада Кузнецова применяет иную методику закрепления живописи, чем в Спасо-Преображенском соборе. …Художники-реставраторы разработали методику закрепления живописного слоя, сходную с методикой её создания. Они не применяют сополимеров, работают в основном с осетровым клеем».

* Специальная научно-реставрационная производственная мастерская.

Никольскую церковь по праву можно считать одним из самых замечательных сооружений на острове Валаам и выдающимся произведением в творчестве Горностаева. Она является одной из этапных построек архитектуры «русского стиля» середины XIX века, заслужившей вы­сокую оценку русского критика В. В. Стасова…