Гефсиманский скит расположен на перекрестке двух дорог: одна ведет к монастырской ферме и Коневскому скиту, другая, основная островная дорога,— к центральной усадьбе монастыря. Дорогу к монастырю по традиции называют большой монастырской дорогой. Строительство Гефсиманского и Воскресенского скитов на Валааме связано с любопытными обстоятельствами.
В 1901 году монах о. Маврикий отправился в путешествие в «Святую землю». Из Иерусалима он привез на Валаам кусок черного камня, заявив братии, что это частица «истинного гроба Господня» — от той пещеры в скале, где, согласно евангельским легендам, было захоронено тело Иисуса Христа. Обыгрывая появление в монастыре «священной реликвии», валаамская братия наносит на карту Валаама библейские географические названия.
В 1901 году начинается строительство Воскресенского скита, который получает наименование «Северного Иерусалима», а холм, на котором он возводится, называют Сионской горой. Высокий берег Монастырской бухты, где раскинулась центральная усадьба монастыря со Спасо-Преображенским собором, получает название горы Фавор (на горе Фавор, по евангельским легендам, и состоялось «Преображение Господне»). А дальше монахи начали искать аналоги: одно из внутренних озер, лежащее как раз на половине пути от Воскресенского скита к монастырю, Лещевое озеро, получило второе название — Мертвое море, а протока, соединяющая его с озером Сисяярви, была названа рекой Иордан. На подходе к Гефсиманскому скиту раскинулась Иосафатова долина, скалистая гряда на берегу малой Никоновской бухты чуть севернее Гефсиманского скита была названа горой Елеон, а ее подножие — Гефсиманским садом. В Палестине на пути от Елеонской горы к Иерусалиму дорогу пересекал Кедронский поток. На Валааме это название получила дренажная канава, прорытая в низине между небольшим Никоновским озером и Ладогой.
Все это несло определенную идеологическую нагрузку — в конце XIX века религиозные чувства окрестного населения несколько поостыли, и нужно было внести в монастырский быт какую-то свежую струю, подхлестнуть чувства богомольцев, склонить их к щедрым пожертвованиям. Безусловно, «священная реликвия» из Иерусалима и географические аналоги сыграли в этом определенную роль.